Koło Naukowe Historyków Studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego zostało założone 13 lutego 1892 r. jako korporacja studencka o charakterze naukowym mająca za zadanie integrować środowisko studentów historii Krakowa (nosiło wówczas nazwę: Kółko Historyczne Uczniów UJ). Powiązać to trzeba z powstaniem pierwszej na Uniwersytecie Jagiellońskim katedry Historii Polski w 1869 roku i ogólnym rozwojem naukowym na ziemiach polskich (zwłaszcza Galicji). Nie była to pierwsza tego typu organizacja na gruncie krakowskim. W 1863 roku założono Kółko, którego prezesem został Tadeusz Wojciechowski, w latach osiemdziesiątych funkcjonował Cech Historyków, również we Lwowie istniała podobna korporacja. To, co wydarzyło się w 1892 roku, było natomiast trwałe. Już wtedy, w pierwszym okresie istnienia Koła na przełomie wieków można dopatrzyć się przejawów działalności charakterystycznych dla dnia dzisiejszego.
Stowarzyszenie istniało prawie nieprzerwanie aż do dzisiaj - było zmuszone zawiesić swoją działalność w latach 1939–1945, 1950–1957 oraz w czasie stanu wojennego. Wśród prezesów tej korporacji znaleźć można tak wybitnych historyków jak Wacław Sobieski, Stanisław Kutrzeba, Oskar Halecki, Józef Feldman, Kazimierz Piwarski i in.
Koło zawsze aktywne, choć programowo apolityczne, wierne było swym wolnościowym przekonaniom. Wydarzenia roku 1980 przyniosły kołom na UJ zerwanie zależności od Socjalistycznego Związku Studentów Polskich. Rozpoczął się proces tworzenia niezależnej Rady Kół Naukowych (RKN) pod patronatem JM Rektora UJ. Wielki wkład w pracach nad jej zawiązaniem mają członkowie Koła Historyków. Wielu spośród nich sprawowało funkcję przewodniczącego RKN. Ze środowiska krakowskiego wyszła także inicjatywa powołania ogólnopolskiego stowarzyszenia wszystkich studenckich kół historycznych.
W roku 1992, kiedy Koło obchodziło 100-lecie swego istnienia, ówczesny Kurator Koła - prof. Krzysztof Baczkowski - podkreślał żywotność i popularność Koła oraz jego fenomen, którego „źródeł szukać należy w stale odczuwanej potrzebie naukowej i towarzyskiej integracji środowiska studenckiego, w dążności do podejmowania prób własnych poszukiwań badawczych i nieskrępowanej niczym dyskusji na tematy autentycznie interesujące młodych historyków”.
W styczniu 2023 r. obchodzony był jubileusz 130-lecia Koła Naukowego Historyków Studentów UJ, w ramach którego odbyły się wykłady gościnne byłych członków-profesorów, herbatka z byłymi Prezesami (reprezentowali ich kolejno: Jerzy Zdrada – Prezes w latach 1957-58 i 1958/59, Mieczysław Rokosz – Prezes w latach 1964/65 i 1965/66), Zenon Piech – Prezes w latach 1974/75 i 1975/76, Wojciech Drelicharz – Prezes w latach 1986/87 i 1987/88, Adam Perłakowski – Prezes w latach 1995/96, Justyna Gałuszka – Prezes w latach 2014/15) oraz wieczór filmowy poświęcony analizie historycznej włoskiego filmu ,,Ogniem i mieczem".
Z okazji jubileuszu 130-lecia wydano publikację poświęconą historii Koła pt. „Bilans półwiecza. Koło Naukowe Historyków Studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego w drugiej połowie XX wieku. Wspomnienia” pod redakcją Kuratora Koła Zenona Piecha. Z kolei w październiku 2023 r. z inicjatywy ówczesnego Zarządu powieszono portrety byłych Kuratorów w Lokalu Koła. Swoistym domknięciem roku jubileuszowego było nasadzenie Drzewa 130-lecia KNHS UJ na Plantach Krakowskich 6 listopada 2023 r. Nasadzony dąb szypułkowy stanowi alegorię Koła - trwałości i żywotności, wspólnoty pokoleń byłych oraz obecnych kołowiczów.
O żywotności, popularności i swoistym fenomenie tej organizacji świadczy fakt, że w roku akademickim 2024/2024 Koło Naukowe Historyków Studentów posiada 260 członków, co stanowi najwyższy wynik w 132-letniej historii.